Postępowanie podatkowe jest unormowane w art. 120 – 271 działu IV ustawy z dnia   29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t. j. z dn. 4 stycznia 2005 r., Dz. U. nr 8, poz. 60).

Przepisy tego działu są podstawą prawną podejmowania czynności procesowych zmierzających do wydania decyzji podatkowej oraz jej weryfikacji w trybie zwykłym, jak również w trybach nadzwyczajnych obejmujących stwierdzenie nieważności decyzji oraz uchylenie lub zmianę decyzji ostatecznej. Jest to podstawowa rola i funkcja uregulowań zawartych w dziale IV Ordynacji dostosowanych w swej systematyce i treści do różnych sytuacji, które muszą znaleźć swoje odzwierciedlenie w toku ustalenia podstaw faktycznych i prawnych sprawy podatkowej, a następnie przygotowania, wydania i doręczenia decyzji podatkowej w indywidualnej sprawie. Przepisy działu IV Ordynacji są również źródłem regulacji prawnej pewnych zespołów czynności procesowych podejmowanych przez organy podatkowe, które pozostają w określonych związkach z obowiązkiem podatkowym lub zobowiązaniem podatkowym, obejmujących szeroko rozumiane postępowanie podatkowe.

Przepisy art. 120 – 129 Ordynacji podatkowej określają zasady ogólne postępowania podatkowego, uznane za normy prawne szczególnie ważne dla procedur podatkowych. Mają one podstawowe znaczenie dla całości postępowania administracyjnego. Standardy w formie zasad ogólnych winny obowiązywać we wszystkich stadiach postępowania oraz stanowić wiążącą wytyczną dla stosowania wszystkich przepisów Ordynacji zarówno w aspekcie materialnym jak i procesowym. Naruszenie zasad ogólnych jest naruszeniem przepisów prawa powodującymi poważne następstwa prawne, mogące powodować wadliwość decyzji zagrożoną sankcją wzruszalności lub sankcją nieważności decyzji.  

Zasada praworządności
Stosownie do art. 120 Ordynacji podatkowej organy podatkowe mają obowiązek działania na podstawie przepisów prawa. Ważną konsekwencją proceduralną tej zasady jest, że każdy akt władczy ingerencji państwa w sferę prawną obywatela powinien być oparty na konkretnym przepisie prawa (wyrok NSA z dnia 4 marca 1996 r., IV SA 651/95, ONSA 1997, nr 1, poz. 27). Sąd Najwyższy w wyroku z dnia 22 października 1992 r. stwierdził, że; Fundamentalną zasadą prawa podatkowego w demokratycznym państwie prawnym jest to, że zakres przedmiotu opodatkowania musi być precyzyjnie określony w ustawie podatkowej, a interpretacja przepisów nie może być rozszerzająca. W razie wątpliwości co do czasu obowiązywania ustawy należy przyjąć, że każdy przepis normuje przyszłość, a nie przeszłość (III ARN 50/92, LexPolonica nr 298547). Działanie na podstawie przepisów prawa oznacza wymierzanie podatków wyłącznie na podstawie obowiązków wynikających z ustawy, a nie przez akty podstawowe. Art. 120 Ordynacji podatkowej stanowi, że organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. To oznacza, że w postępowaniu podatkowym nie ma zastosowania zasada, że dozwolone jest wszystko to, co nie jest przez prawo zakazane. (wyrok NSA z dnia 26 lutego 2001 r., III SA 167/00, „LEX” nr 47930).

Zasada prawdy obiektywnej

c.d.n. 

Aby dokonać oceny prawidłowości zastosowania przepisów prawa materialnego, w pierwszej kolejności należy zbadać, czy organy przeprowadziły postępowanie podatkowe zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej, przy poszanowaniu zasady prawdy obiektywnej (art. 122 Ordynacji podatkowej), zasady zupełności postępowania dowodowego oraz wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego (art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej), a wreszcie zasady swobodnej oceny dowodów (art. 191 Ordynacji podatkowej). Na kanwie tej ostatniej, aprobowany jest powszechnie pogląd, iż organ nie jest uprawniony do oceny dowodów według „swego widzimisię”, albowiem swoją ocenę w tej mierze obowiązany jest oprzeć na przekonywujących podstawach i dać temu wyraz w uzasadnieniu decyzji. Jak to podkreślił Sąd Najwyższy w wyroku z dnia 23 listopada 1994 r. III ARN 55/94 (OSNAPiUS 1995/7 poz. 83), zarzut dowolności wykluczają dopiero ustalenia dokonane w całokształcie materiału dowodowego (art. 191 Ordynacji podatkowej) zgromadzonego i zbadanego w sposób wyczerpujący (art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej), a więc przy podjęciu wszelkich kroków niezbędnych do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, jako warunku niezbędnego do wydania decyzji o przekonywającej treści (art. 122 Ordynacji podatkowej).

Katalog środków dowodowych ustawodawca zawarł w art. 181 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym dowodami w postępowaniu podatkowym mogą być w szczególności księgi podatkowe, deklaracje złożone przez stronę, zeznania świadków, opinie biegłych, materiały i informacje zebrane w wyniku oględzin, informacje podatkowe oraz inne dokumenty zgromadzone w toku czynności sprawdzających lub kontroli podatkowej, z zastrzeżeniem art. 284a § 3, art. 284b § 2 i art. 288 § 2 oraz materiały zgromadzone w toku postępowania karnego albo postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe. W myśl natomiast art. 193 § 1 Ordynacji podatkowej, księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Czyli pomimo że art. 181 Ordynacji podatkowej nadaje równą moc dowodową wszystkim dowodom w nim wymienionym, to z treści art. 193 § 3 wynika, że księgi podatkowe mają szczególny walor. Tą szczególną moc dowodową ksiąg podatkowych, należy interpretować jako zakaz określania w postępowaniu podatkowym elementów mających wpływ na wysokość podatku, bez uprzedniego stwierdzenia w sposób uregulowany prawem prowadzenia ksiąg w sposób nierzetelny lub wadliwy, które w danej sprawie objęte były zakresem prawnopodatkowego stanu faktycznego, a które zgodnie z przepisami prawa powinny być zaewidencjonowane w księgach zgodnie z ich rzeczywistym przebiegiem (por. wyrok WSA w Warszawie z dnia 16 listopada 2004 r. III SA 3525/2003 Monitor Podatkowy 2005/2 str. 42).

W piśmiennictwie i orzecznictwie utrwalony jest pogląd, iż badanie ksiąg podatkowych stanowi istotną czynność postępowania. Odrzucenie księgi jako dowodu wymaga obalenia domniemania jej zgodności z prawdą, przy czym jego ciężar spoczywa na organie podatkowym. Jeżeli organy podatkowe nie stwierdzą nierzetelności ksiąg podatkowych w zakresie oraz za okresy, określone w prowadzonym postępowaniu, w tej części przedmiotowe księgi stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Organy za wskazane okresy nie mogą poczynić ustaleń innych niż wskazane w księgach odnośnie określenia wielkości podatku (por. wyrok WSA w Warszawie z dnia 21 lutego 2006 r. III SA/Wa 2045/2005).