Przesłanki uzasadniające wznowienie postępowania określa art. 240 Ordynacji podatkowej.
Instytucja ta ma na celu stworzenie prawnej możliwości ponownego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego i podjęcia rozstrzygnięcia sprawy zakończonej ostateczną decyzją podatkową, jeżeli postępowania podatkowe były dotknięte wadami procesowymi, wyliczonymi wyczerpująco w art. 240 Ordynacji podatkowej (zob. B. Gruszczyński, w: S. Babiarz, B. Dauter, B. Gruszczyńki, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek Ordynacja podatkowa Komentarz, Warszawa 2009, str. 832.).
Wznowienie postępowania ma na celu usunięcie ciężkich wad, które ujawniły się już po wydaniu decyzji ostatecznej poprzez ponowne rozpatrzenie sprawy podatkowej. W postępowaniu wznowieniowym podlegają rozstrzygnięciu dwie odmienne kwestie prawne; stwierdzenie istnienia przesłanek uzasadniających wznowienie postępowania oraz ponowne rozstrzygnięcie merytoryczne sprawy, będącego już przedmiotem postępowania, jeśli zostało uznane za wadliwe.
Uchylenie decyzji podatkowej w wyniku wznowienia postępowania na podstawie art. 240 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej – wyjdą na jaw istotne dla sprawy nowe okoliczności faktyczne lub nowe dowody istniejące w dniu wydania decyzji nieznane organowi, który wydał decyzję – jest możliwe wyłącznie w sytuacji gdy nowe dowody i okoliczności faktyczne wzruszają stan faktyczny przyjęty przez organ za podstawę wydania decyzji w trybie zwykłym. Nowe dowody i okoliczności faktyczne muszą prowadzić do ustalenia, że okoliczności faktyczne, które organ w postępowaniu zwykłym przyjął jako element rzeczywistego stanu faktycznego nie wystąpiły lub miały inny przebieg, co miało znaczenie dla ich skutków prawnopodatkowych. Nowe dowody i okoliczności faktyczne jeżeli nie dotyczą podstawowych ustaleń faktycznych sprawy nie będą mogły stanowić podstawy do uchylenia decyzji kończącej wznowione postępowanie.
Przesłanka „nowe okoliczności faktyczne”, „nowe dowody”, nie były znane organowi, który wydał decyzję jest związana z przyjętą zasadą dysponowania przez organ podatkowy zakresem postępowania dowodowego (art. 187 § 1) i zasadą swobodnej oceny dowodów. Jeżeli organ podatkowy z własnej woli nie przeprowadzi dowodu lub odmówi przeprowadzenia danego dowodu w postępowaniu w sprawie, jest tą oceną związany, co oznacza, że nie może być kwalifikowany jako nowy dowód, na podstawie art. 240 § 1 pkt 5. Zgodnie z art. 191 „organ podatkowy ocenia na podstawie całego zebranego materiału dowodowego, czy dana okoliczność została udowodniona”.
Dokonaną oceną organ jest związany, zmiana oceny nie może stanowić podstawy wznowienia postępowania. Należy przyjąć, że organ podatkowy zna cały materiał dowodowy. Odmienna, a nawet błędna ocena dowodu, który istniał i był znany organowi wydającemu decyzję, nie uzasadnia żądania wznowienia postępowania (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 31 maja 2004 r. III SA 134/2003 Przegląd Orzecznictwa Podatkowego 2005/3 poz. 61). (Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 października 2011 r. II FSK 749/2010, LexPolonica nr 3073698, http://orzeczenia.nsa.gov.pl).
„Samo postępowanie toczące się po wznowieniu, ma na celu w pierwszej kolejności dokonanie ustaleń, czy nieznane wcześniej okoliczności w rzeczywistości miały miejsce oraz czy nowe nieznane dowody potwierdzają faktycznie okoliczność na którą zostały powołane. Oznacza to z kolei, że samo wznowienie postępowania na podstawie nowych nieznanych okoliczności samo przez się oznacza, że okoliczności te w rzeczywistości miały miejsce. Powołanie się bowiem na nowe nieznane okoliczności daje jedynie podstawę do wznowienia postępowania. Czy okoliczności te miały w rzeczywistości miejsce ustalone musi zostać w trakcie postępowania toczącego się po wznowieniu.” (Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 18 października 2011 r., I SA/Kr 1308/2011, LexPolonica nr 3090660, http://orzeczenia.nsa.gov.pl).
Postępowanie wznowieniowe nie jest kontynuacją postępowania instancyjnego i nie może prowadzić do pełnej merytorycznej kontroli decyzji, którą zakończono sprawę w postępowaniu zwykłym. „Postępowanie wznowieniowe nie jest kolejną, trzecią instancją postępowania zwykłego.(…) Postępowanie wszczęte na podstawie wniosku o wznowienie postępowania jest trybem nadzwyczajnym wzruszania decyzji ostatecznych i polega na zbadaniu czy w sprawie wystąpiły przesłanki, o których mowa w art. 240 § 1 Ordynacji podatkowej. Rolą organu w takim postępowaniu nie jest zatem ponowne kompleksowe zgromadzenie i ocena materiału dowodowego, który legł u podstaw wydania decyzji ostatecznej, a jedynie zbadanie czy przesłanki wznowieniowe, wskazane we wniosku miały rzeczywiście miejsce. Tym samym w ramach omawianego trybu nadzwyczajnego organ ma obowiązek działać zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, dotyczącą obowiązku wyczerpującego zebrania oraz oceny całego materiału dowodowego, ale jedynie w zakresie obejmującym powołane przez stronę przesłanki wznowieniowe.” (Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 26 lipca 2011 r., I FSK 1159/2010, LexPolonica nr 2782351, http://orzeczenia.nsa.gov.pl).